2014年1月30日に、github上のcococapodsのspecリポジトリが壊れるという事件が起きたらしい。
この状態でいつもの流れで、pod installをすると、ローカルのspecリポジトリとの不整合が起きて以下のようなエラーが出た。
Pull is not possible because you have unmerged files. Please, fix them up in the work tree, and then use 'git add/rm <file>' as appropriate to mark resolution, or use 'git commit -a'.
公式サイトで紹介
Repairing Our Broken Specs Repository - CocoaPods Blog
されている修復方法は簡単で、~/.cocoapods/repos/master以下にあるspecリポジトリを一度消して、再度作りなおす、ということ。
$ pod repo remove master $ pod setup
ちなみに、2014年1月31日時点では、アクセスが集中しているからか、pod setupに非常に時間がかかった。