OS XをYosemiteにアップグレードしたら/usr/local/var以下が全部消えた。

タイトルの通り。

postgresやapache2のディレクトリやファイルが配置されているはずなので、そういう人はアップグレードする前にディレクトリのバックアップをとっておくと良いです。